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Título:
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Sequence analysis of the V1-V2 hypervariable region of the HIV-1 envelope gene from pediatric patients.
Autores:
En: PUERTO RICO HEALTH SCIENCES JOURNAL, 15 (3) Sept. 1996: 211-218. bibl. tab.
Revista: Puerto Rico health sciences journal, vol. 15, núm. 3; Sept. 1996
Resumen: La presencia de variantes de HIV-1 en pacientes de SIDA pediátricos fue investigada utilizando amplificación en dos etapas por el método de Reacción de Polimerización en Cadena (PCR por sus siglas en inglés) usando iniciadores que reconocen la primera y segunda región (V1-V2) hipervariable del gene para la proteína proviral gp 120 (env1). El análisis por electroforésis en geles de agarosa identificó fragmentos de ADN de tamaño variado, los cuales eran característicos para cada individuo.
Resumen: Los productos de amplificación fueron clonados y las clonas obtenidas tambien demostraron insertos de diferentes tamaños en los pacientes y al comparar entre pacientes. Análisis de secuencias del ADN de cinco clonas de dos pacientes diferentes reveló una alta heterogeneidad en la región V1-V2. La máxima similaridad del ADN entre las clonas aisladas osciló entre 69-96%. Se compararon las clonas aisladas con secuencia de ADN de cepas del VIH-1 de otras partes del mundo.
Resumen: El porciento de similaridad mas alto con variantes conocidas de VIH fue encontrado con las siguientes cepas: HIVADA, HIVJFL, HIVSW42, HIVSW83, HIVTRA2, HIVWMJ22. Las cepas aisladas tuvieron alta similaridad a las cepa de la clase B HIVSF162.
Resumen: Las secuencias de HIV-1 analizadas exhibieron el alto grado de variación esperado en la región V1-V2 del gene gp120 y en algunos casos se encontró que la variación entre aislados del mismo paciente pueden exceder la variación entre clonas individuales y las cepas de VIH-1 de referencia.
Resumen: The presence of HIV-1 DNA sequence variants of pediatric AIDS patients was investigated in a two-stage polymerasa chain reaction (PCR) using nested primers for the first and second (V1-V2) hypervariable regions of the proviral envelope (gp 120) gene (env1). Gel electrophoresis analysis yielded amplified DNA bands which exhibited length variations which were characteristic for each child.
Resumen: The PCR products were cloned and the resulting clones demonstrated inserts of different lenghts in a patient and between patients. Analysis of five clones from two different patients at the level of DNA sequencing indicates an extreme heterogeneity in the V1-V2 region.
Resumen: DNA maximum similarity between all of the isolated clones ranged between 69 to 96%. Comparison between DNA sequences of the isolated clones and HIV-1 strains of other parts of the world was also performed. The highest percentage of similarity that was found with known HIV variants included the following strains: HIVADA, HIVJFL, HIVSW42, HIVSWB83, HIVTRA2, HIVWMJ22. The sequences also showed a high degree of similarity to the clade B virus HIVSF162.
Resumen: The analyzed HIV-1 sequence demonstrated the expected high degree of variation in the V1-V2 region of the envelope gene and in some cases that the variation between isolates from the same patient may exceed the variation between the individual clones and the reference HIV-1 strains.
Notas: Keywords: Pediatric AIDS, HIV-1 infection, Envelope gene, gp 120, VI Hypervariable region
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